Nagybajom régi magyar település, legkorábbi említése 1197-ből származik. Mint uradalmi központ, a 19. század közepéig nagyközségi rangban volt, majd a felgyorsult fejlődés hatására válhatott mezővárossá. 1870-ben 4000 lakójával Somogy megye 3. legnépesebb települése lett. A „nagy vasútépítések” idején Nagybajomot elkerülte a vasútvonal, amely a fejlődési pályájában törést jelentett. Elkerülték a nagy gazdasági fejlesztések, így falusias jellegű beépítés alakult ki. Az újkorra a megye második legnagyobb határú településévé vált. 

A II. világháború idején a súlyos emberáldozatokat követelő csaták helyszíneként tartják számon, itt húzódott a német-orosz frontvonal. 

Az 1950-es években megindult a községfejlesztés hatására 1970-ben ismét nagyközségi rangra emelkedett. 2001. július 1-től kapott városi rangot.

Nagybajom egyik különlegessége, hogy több lakott külterületi rész tartozik a településhez (Kakpuszta, Homokpuszta, Visitag, Virág utca).

Nagybajom nagy területtel a Duna-Dráva Nemzeti Park Boronka Melléki Tájvédelmi Körzetéhez tartozik. A Nemzeti Park látogatóközpontot tart fent Homokpusztán. 

A település 1996-ban elnyerte az „Európai Gólyás Település” címet az itt fészkelő 36 pár gólyának köszönhetően. A mezőgazdaság azóta történt jelentős átalakulása miatt a gólyák táplálkozási területe nagymértékben csökkent, így mára csak 5-6 pár gólya fészkel évente. 

Nagybajom történetéről részletesen a Solymosi László – Mikóczi Alajos szerzőpáros által írt Nagybajom története – A koraközépkortól napjainkig című, 1979-ben kiadott monográfiában olvashatunk, amelyet kikölcsönözhetünk vagy megvásárolhatunk a Gyergyai Albert Városi Könyvtárban.